Investigador Postdoctoral

Universidad de Chile

Santiago, Chile

Presente - Abr. 2021

• Proyecto Fondecyt de Postdoctorado 2021-2023: Caracterización lingüística del texto clínico chileno: hacia una extracción automática de información.

Ph.D. Ciencias Biomédicas

Universidad de Chile

Santiago, Chile

Ene. 2018 - Mar. 2013

• Tesis: Análisis de ligamiento y asociación para identificar marcadores genéticos de riesgo de colelitiasis y cáncer de vesícula biliar en Chile.

M.S. en Ciencias Biológicas, mención Genética

Universidad de Chile

Santiago, Chile

Jun. 2013 - Abr. 2011

• Tesis: Papel del canal iónico TRPM4 en el desarrollo del cáncer de próstata en un modelo murino transgénico.

B.S. Microbiología y Bioanálisis

Universidad de Antioquia

Medellín, Colombia

May. 2009 - Ene. 2003

Investigador

Centro de Modelamiento Matemático, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Jul. 2021 - Ene. 2021

• Reconocimiento de Entidades Nombradas (NER) de morfología y topografía tumoral en informes de anatomía patológica.
• PI: Jocelyn Dunstan

Investigador

Centro de Informática Médica y Telemedicina, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Mar. 2021 - Ene. 2020

• Análisis automático de narrativas clínicas producidas en Chile usando redes neuronales.
• PI: Jocelyn Dunstan

Investigador

Centro de Informática Médica y Telemedicina, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Dic. 2020 - Dic. 2019

• FONDEF IDeA I+D 2019 (2019-2021): Deep-Pathology: Plataforma de TelePatología Distribuida Basada en Blockchain y Diagnóstico Colaborativo Apoyado por Deep Learning
• PI: Steffen Härtel Gründler

Investigador Postdoctoral

Centro de Informática Médica y Telemedicina, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Dic 2019 - Sep. 2018

• Análisis sistemático de antecedentes familiares registrados en la ficha clínica electrónica.

Tesista de doctorado

Fundación para Estudios Biomédicos Avanzados, Facultad de Medicina, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Abr. 2018 - Dic. 2017

• Análisis de variantes genéticas germinales y somáticas en pacientes con cáncer de vesícula biliar.

Tesista de doctorado

Laboratorio de Genómica del Cáncer, Facultad de Medicina, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Ene. 2018 - Ago. 2014

• Análisis estadístico de información sociodemográfica.
• Análisis de ligamiento genético en familias.
• Mapeo fino y análisis de asociación genómica en un estudio de casos y controles.

Pasantía de Investigación Doctoral

Institute of Medical Biometry and Informatics (IMBI), University Hospital Heidelberg

Heidelberg, Germany

Feb. 2016 - Ago. 2015

• Formación en herramientas bioinformáticas especializadas (R, PLINK y Mendel) para el análisis de datos genéticos.
• Asistencia a la Conferencia EMBL: Genómica del cáncer.
• Asistencia a charlas científicas organizadas por la Universidad de Heidelberg y el Centro Alemán de Investigación Oncológica (dkfz).

Tesista de magíster

Laboratorio de Patología Molecular del Cáncer, Facultad de Medicina, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Jun. 2013 - Mar. 2012

• Análisis histopatológico de secciones de próstata, ganglios linfáticos y pulmones de un modelo murino de cáncer de próstata (ratones TRAMP)
• Cuantificación de mRNA usando RT-PCR en tiempo real en próstatas de ratones TRAMP

Fundación Diagnosis

Miembro asesor de la Diagnosis Foundation

Santiago, Chile

Dic. 2021 - Nov. 2019

• Apoyar el diagnóstico y la investigación de enfermedades desconocidas.
• Promover la generación de conocimiento a través de la investigación científica ética y colaborativa.

Docencia de pregrado - Profesor coordinador

Escuela de Tecnología Médica, Universidad del Desarrollo

Santiago, Chile

Present - Sep. 2023

• CB. Informática Médica
• Curso perteneciente al área formativa de la especialidad de Bioanálisis Clínico, Hematología y Banco de Sangre, con 68 horas académicas impartidas en el octavo semestre del Plan de Estudios.

Asesor Metodológico de Pregrado

Escuela de Tecnología Médica, Universidad del Desarrollo

Santiago, Chile

Present - Sep. 2023

• Seminario de Investigación

Docencia de posgrado - Profesor coordinador

Magíster Internacional en Informática Médica, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Presente - Ago. 2020

• CA. Bioinformática I y II.

Docencia de pregrado - Profesor coordinador

Escuela de Tecnología Médica, Universidad del Desarrollo

Santiago, Chile

Presente - Ago. 2021

• CB. Bioinformática en el Diagnóstico Molecular.
• Curso perteneciente al área formativa de la especialidad de Morfofisiopatología y Citodiagnóstico, con 102 horas académicas impartidas en el octavo semestre del Plan de Estudios.

Tutor Tesis de Magíster

Magíster Internacional en Informática Médica, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Jun. 2022 - Jul. 2021

• Detección automática de Metástasis a Distancia descrita en reportes de imagenología mediante el uso de procesamiento de lenguaje natural.
• Supervisor de la tesis de magíster de Ricardo Ahumada junto con Jocelyn Dunstan.

Evaluador Tesis de Magíster

Magíster Internacional en Informática Médica, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Abr. 2022 - Jul. 2021

• Transcripción y extracción automáticas de información clave desde audios clínicos en español.
• Miembro del comité evaluador de la tesis de magíster de Maicol Fernandez.

Docencia de posgrado - Profesor invitado

Magíster Internacional en Informática Médica, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Jun. 2021

• CA. Métodos de Análisis Estadístico II.
• Creación de recursos lingüísticos para la PLN.

Docencia de posgrado - Profesor invitado

Magíster Internacional en Informática Médica, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Jul. 2020 - May. 2020

• CB. Bioestadística I y II.

Supervisión de Estudiantes de Pregrado

Facultad de Medicina, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Dic. 2020 - Mar. 2020

• Unidades de Investigación I y II.
• 40 horas de tutoría para estudiantes de medicina de segundo año.
• Orientación en la construcción y ejecución de un proyecto de investigación de corta duración.

Docencia de posgrado - Profesor invitado

Magíster Internacional en Informática Médica, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Oct. 2018

• CA. Biomedicina II.
• Estudios de epidemiología genética en cáncer

Docencia de Pregrado - Profesor Invitado

Escuela de Tecnología Médica, Universidad del Desarrollo

Santiago, Chile

Oct. 2018 - Ago. 2018

• CB. Bases científicas de la tecnología médica.

Docencia de Pregrado - Profesor Invitado

Escuela de Tecnología Médica, Universidad Mayor

Santiago, Chile

Sep. 2017

• CB. Biotecnología Aplicada.

Docencia de Pregrado - Profesor Invitado

Facultad de Medicina, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Ene. 2017 - Mar. 2016

• Unidades de Investigación I y II.
• 40 horas de tutoría para estudiantes de medicina de segundo año.
• Orientación en la construcción y ejecución de un proyecto de investigación de corta duración.

Docencia de Pregrado - Profesor Invitado Ayudante

Escuela de Tecnología Médica, ICBM, Universidad de Chile

Santiago, Chile

May. 2015

• Seminarios de aplicación de la Biología Molecular.

E-Learning Module for Cytopathology Education Based on Virtual Microscopy

Journal of the American Society of Cytopathology

Santiago, Chile

2023

• Cubillos, L., Diaz, E., Báez, P., Gutiérrez, L., Molina C., Härtel, S.
• (in press)

Amerindian Ancestry Proportion as a Risk Factor for Inflammatory Bowel Diseases: Results from a Latin American Andean Cohort

Frontiers in Medicine

Santiago, Chile

2023

• Pérez-Jeldres, T., Magne, F., Ascui, G., Alvares D., Orellana, M., Álvarez-Lobos, M., Hernández-Rocha, C., Azócar, L., Aguilar, N., Espino, A., Estela, R., Escobar, S., Zazueta, A., Baez, P., Silva, V., De La Vega, A., Arriagada, E., Pavez-Ovalle, C., Diaz-Asencio, A., Travisany, D., … Bustamante, M.L.
• (in press)

Genotype Prevalence of Lactose Deficiency, Vitamin D Deficiency, and the Vitamin D Receptor in a Chilean Inflammatory Bowel Disease Cohort: Insights from an Observational Study

International Journal of Molecular Sciences

Santiago, Chile

2023

• Pérez-Jeldres, T., Bustamante, M. L., Segovia-Melero, R., Aguilar, N., Magne, F., Ascui, G., Uribe, D., Azócar, L., Hernández-Rocha, C., Estela, R., Silva, V., De La Vega, A., Arriagada, E., Gonzalez, M., Onetto, G.-F., Escobar, S., Baez, P., Zazueta, A., Pavez-Ovalle, C., … Álvarez-Lobos, M.
• 

Genome sequencing reveals molecular subgroups in oral epithelial dysplasia

Brazilian Oral Research

Santiago, Chile

2023

• Márquez A., Mujica I., Jordan N., Báez P., Tarquinio S., Nunes J., Adorno D., Martínez B., Morales-Pison S., Fernandez-Ramires R.
• 

Procesamiento de lenguaje natural para texto clínico en español: el caso de las listas de espera en Chile

Revista Médica Clínica Las Condes, 2022, vol. 33, no 6, p. 576-582.

Santiago, Chile

2022

• Báez, P., Arancibia, A. P., Chaparro, M. I., Bucarey, T., Núñez, F., & Dunstan, J.
• 

Ethnicity influences phenotype and clinical outcomes: Comparing a South American with a North American inflammatory bowel disease cohort

Medicine, September 09, 2022 - Volume 101 - Issue 36 - p e30216

Santiago, Chile

2022

• Pérez-Jeldres T, Pizarro B, Ascui G, Orellana M, Cerda-Villablanca M, Alvares D, De La Vega A, Cannistra M, Cornejo B, Báez P, Silva V, Arriagada E, Rivera-Nieves J, Estela R, Hernández-Rocha C, Álvarez- Lobos M, Tobar F.
• 

Cáncer de vesícula en colecistectomías de la región de Tarapacá. Análisis según pertenencia étnica

Revista Médica de Chile, 150(9).

Santiago, Chile

2022

• Fonseca C, M., García R, J., Csendes J, A., Calcagno Z, S., Ibaceta O, D., Báez B, P., & Marcelain C, K.
• 

Automatic support system for tumor coding in pathology reports in Spanish

Preprint disponible en SSRN 3982259

Santiago, Chile

2022

• Villena, F., Báez, P., Peñafiel, S., Rojas, M. & Dunstan, J.
• 

Automatic Extraction of Nested Entities in Clinical Referrals in Spanish

ACM Transactions on Computing for Healthcare (HEALTH), 2022, vol. 3, no 3, p. 1-22.

Santiago, Chile

2022

• Báez, P., Bravo-Marquez, F., Dunstan, J., Rojas, M. & Villena, F.
• 

Construcción de recursos de texto para la identificación automática de información clínica en narrativas no estructuradas

Revista Médica de Chile, 149(7).

Santiago, Chile

2021

• Báez, P., Villena, F., Zúñiga K., Jones N., Fernández G., Durán, M. & Dunstan, J.
• 

Prevalencia de colecistolitiasis y cáncer de vesícula en una población rural Aymara de Chile

Revista Médica de Chile, 148(10).

Santiago, Chile

2020

• Fonseca C, M., Baéz B, P., Csendes J, A., Calcagno Z, S., Marcelain C, K., Vargas M, P., García R, J., & Barlaro F, T.
• 

The Chilean Waiting List Corpus: a new resource for Clinical Named Entity Recognition

Proceedings of the 3rd Clinical Natural Language Processing Workshop (pp. 291-300)

Santiago, Chile

2020

• Báez, P., Villena, F., Rojas, M., Durán, M., & Dunstan, J.
• Best Paper Session at the 3rd Clinical NLP Workshop - EMNLP Conference 2020
• 

ABCB1/4 Gallbladder Cancer Risk Variants Identified in India Also Show Strong Effects in Chileans

Cancer Epidemiol. 2020 Apr;65:101643.

Santiago, Chile

2020

• Boekstegers F., Marcelain K., Barahona C., Báez P., Müller B., et al.
• 

TRPM4 regulates Akt/GSK3-β activity and enhances β-catenin signaling and cell proliferation in prostate cancer cells

Mol Oncol. 2018 Feb; 12(2):151-165.

Santiago, Chile

2018

• Sagredo, A. I., Sagredo, E. A., Cappelli, C., Báez, P., Rodrigo, A. M., et al.
• 

Subtypes of Native American ancestry and leading causes of death: Mapuche ancestry-specific associations with gallbladder cancer risk in Chile

PLoS Genet 13(5): e1006756.

Santiago, Chile

2017

• Lorenzo Bermejo J, Boekstegers F, González Silos R, Marcelain K, Báez P., et al.
• 

Mast Cell Infiltration and Kit and Protease Expression During Progression of a Transgenic Prostate Cancer Murine Model (TRAMP)

Journal of Comparative Pathology, 150(1), 88.

Santiago, Chile

2014

• González, C., Armisén, R., Stutzin, A., Baez, P., Landerer, E., Paredes, R., Contreras, I., Muñoz, C.

Actualización en cáncer de próstata: generalidades y diagnóstico

Medicina & Laboratorio, 18, 7-8.

Santiago, Chile

2012

• Báez, P., Armisén Yañez, R.

Colonización por Staphylococcus aureus resistente a meticilina en las manos de individuos de la comunidad

Iatreia, 23(1), 5-9.

Medellín, Colombia

2010

• Báez, P., Zapata Tamayo, M., Ramírez Pérez, A., Rúa Giraldo, A., & Jiménez Quiceno, J.

Concurso Fondecyt de Postdoctorado

Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID

Santiago, Chile

Abr. 2021

Mejor publicación

3rd Clinical Natural Language Processing Workshop. Paper title: The Chilean Waiting List Corpus: a new resource for Clinical Named Entity Recognition.

Clinical NLP Workshop, EMNLP

Nov. 19 2020

Beca Puente Postdoctoral

Instituto de Neurociencia Biomédica (BNI), Universidad de Chile

Santiago, Chile

Sep. 2018

Beca de Pasantía al Extranjero

Programa MECESUP Uch1304, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Jul. 2015

Beca de Doctorado Nacional CONICYT para Extranjeros

Ministerio de Educación, Gobierno de Chile

Santiago, Chile

Mar. 2013

Aprobación de Magíster con la máxima distinción

Escuela de Postgrado, Universidad de Chile

Santiago, Chile

Jun. 2013

Diez mejores resultados a nivel nacional según programa académico: Prueba ECAES

Ministerio de Educación, República de Colombia

Medellín, Colombia

2008