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Pablo Baez Benavides, PhD
Educación
Investigador Postdoctoral
Universidad de Chile
Santiago, Chile
Presente - Abr. 2021
- Proyecto Fondecyt de Postdoctorado 2021-2023: Caracterización lingüística del texto clínico chileno: hacia una extracción automática de información.
Ph.D. Ciencias Biomédicas
Universidad de Chile
Santiago, Chile
Ene. 2018 - Mar. 2013
- Tesis: Análisis de ligamiento y asociación para identificar marcadores genéticos de riesgo de colelitiasis y cáncer de vesícula biliar en Chile.
M.S. en Ciencias Biológicas, mención Genética
Universidad de Chile
Santiago, Chile
Jun. 2013 - Abr. 2011
- Tesis: Papel del canal iónico TRPM4 en el desarrollo del cáncer de próstata en un modelo murino transgénico.
B.S. Microbiología y Bioanálisis
Universidad de Antioquia
Medellín, Colombia
May. 2009 - Ene. 2003
Experiencia en Investigación
Investigador
Centro de Modelamiento Matemático, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Jul. 2021 - Ene. 2021
- Reconocimiento de Entidades Nombradas (NER) de morfología y topografía tumoral en informes de anatomía patológica.
- PI: Jocelyn Dunstan
Investigador
Centro de Informática Médica y Telemedicina, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Mar. 2021 - Ene. 2020
- Análisis automático de narrativas clínicas producidas en Chile usando redes neuronales.
- PI: Jocelyn Dunstan
Investigador
Centro de Informática Médica y Telemedicina, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Dic. 2020 - Dic. 2019
- FONDEF IDeA I+D 2019 (2019-2021): Deep-Pathology: Plataforma de TelePatología Distribuida Basada en Blockchain y Diagnóstico Colaborativo Apoyado por Deep Learning
- PI: Steffen Härtel Gründler
Investigador Postdoctoral
Centro de Informática Médica y Telemedicina, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Dic 2019 - Sep. 2018
- Análisis sistemático de antecedentes familiares registrados en la ficha clínica electrónica.
Tesista de doctorado
Fundación para Estudios Biomédicos Avanzados, Facultad de Medicina, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Abr. 2018 - Dic. 2017
- Análisis de variantes genéticas germinales y somáticas en pacientes con cáncer de vesícula biliar.
Tesista de doctorado
Laboratorio de Genómica del Cáncer, Facultad de Medicina, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Ene. 2018 - Ago. 2014
- Análisis estadístico de información sociodemográfica.
- Análisis de ligamiento genético en familias.
- Mapeo fino y análisis de asociación genómica en un estudio de casos y controles.
Pasantía de Investigación Doctoral
Institute of Medical Biometry and Informatics (IMBI), University Hospital Heidelberg
Heidelberg, Germany
Feb. 2016 - Ago. 2015
- Formación en herramientas bioinformáticas especializadas (R, PLINK y Mendel) para el análisis de datos genéticos.
- Asistencia a la Conferencia EMBL: Genómica del cáncer.
- Asistencia a charlas científicas organizadas por la Universidad de Heidelberg y el Centro Alemán de Investigación Oncológica (dkfz).
Tesista de magíster
Laboratorio de Patología Molecular del Cáncer, Facultad de Medicina, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Jun. 2013 - Mar. 2012
- Análisis histopatológico de secciones de próstata, ganglios linfáticos y pulmones de un modelo murino de cáncer de próstata (ratones TRAMP)
- Cuantificación de mRNA usando RT-PCR en tiempo real en próstatas de ratones TRAMP
Servicio
Fundación Diagnosis
Miembro asesor de la Diagnosis Foundation
Santiago, Chile
Dic. 2021 - Nov. 2019
- Apoyar el diagnóstico y la investigación de enfermedades desconocidas.
- Promover la generación de conocimiento a través de la investigación científica ética y colaborativa.
Experiencia Docente
Disfruto mucho al enseñar y compartir mis experiencias en ciencia de datos en salud.
Docencia de pregrado - Profesor coordinador
Escuela de Tecnología Médica, Universidad del Desarrollo
Santiago, Chile
Present - Sep. 2023
- CB. Informática Médica
- Curso perteneciente al área formativa de la especialidad de Bioanálisis Clínico, Hematología y Banco de Sangre, con 68 horas académicas impartidas en el octavo semestre del Plan de Estudios.
Asesor Metodológico de Pregrado
Escuela de Tecnología Médica, Universidad del Desarrollo
Santiago, Chile
Present - Sep. 2023
- Seminario de Investigación
Docencia de posgrado - Profesor coordinador
Magíster Internacional en Informática Médica, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Presente - Ago. 2020
- CA. Bioinformática I y II.
Docencia de pregrado - Profesor coordinador
Escuela de Tecnología Médica, Universidad del Desarrollo
Santiago, Chile
Presente - Ago. 2021
- CB. Bioinformática en el Diagnóstico Molecular.
- Curso perteneciente al área formativa de la especialidad de Morfofisiopatología y Citodiagnóstico, con 102 horas académicas impartidas en el octavo semestre del Plan de Estudios.
Tutor Tesis de Magíster
Magíster Internacional en Informática Médica, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Jun. 2022 - Jul. 2021
- Detección automática de Metástasis a Distancia descrita en reportes de imagenología mediante el uso de procesamiento de lenguaje natural.
- Supervisor de la tesis de magíster de Ricardo Ahumada junto con Jocelyn Dunstan.
Evaluador Tesis de Magíster
Magíster Internacional en Informática Médica, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Abr. 2022 - Jul. 2021
- Transcripción y extracción automáticas de información clave desde audios clínicos en español.
- Miembro del comité evaluador de la tesis de magíster de Maicol Fernandez.
Docencia de posgrado - Profesor invitado
Magíster Internacional en Informática Médica, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Jun. 2021
- CA. Métodos de Análisis Estadístico II.
- Creación de recursos lingüísticos para la PLN.
Docencia de posgrado - Profesor invitado
Magíster Internacional en Informática Médica, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Jul. 2020 - May. 2020
- CB. Bioestadística I y II.
Supervisión de Estudiantes de Pregrado
Facultad de Medicina, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Dic. 2020 - Mar. 2020
- Unidades de Investigación I y II.
- 40 horas de tutoría para estudiantes de medicina de segundo año.
- Orientación en la construcción y ejecución de un proyecto de investigación de corta duración.
Docencia de posgrado - Profesor invitado
Magíster Internacional en Informática Médica, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Oct. 2018
- CA. Biomedicina II.
- Estudios de epidemiología genética en cáncer
Docencia de Pregrado - Profesor Invitado
Escuela de Tecnología Médica, Universidad del Desarrollo
Santiago, Chile
Oct. 2018 - Ago. 2018
- CB. Bases científicas de la tecnología médica.
Docencia de Pregrado - Profesor Invitado
Escuela de Tecnología Médica, Universidad Mayor
Santiago, Chile
Sep. 2017
- CB. Biotecnología Aplicada.
Docencia de Pregrado - Profesor Invitado
Facultad de Medicina, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Ene. 2017 - Mar. 2016
- Unidades de Investigación I y II.
- 40 horas de tutoría para estudiantes de medicina de segundo año.
- Orientación en la construcción y ejecución de un proyecto de investigación de corta duración.
Docencia de Pregrado - Profesor Invitado Ayudante
Escuela de Tecnología Médica, ICBM, Universidad de Chile
Santiago, Chile
May. 2015
- Seminarios de aplicación de la Biología Molecular.
Publicaciones
Pronto encontrarás también algunas notas sobre mi trabajo, charlas y proyectos paralelos en mi blog.
E-Learning Module for Cytopathology Education Based on Virtual Microscopy
Journal of the American Society of Cytopathology
Santiago, Chile
2023
- Cubillos, L., Diaz, E., Báez, P., Gutiérrez, L., Molina C., Härtel, S.
- (in press)
Amerindian Ancestry Proportion as a Risk Factor for Inflammatory Bowel Diseases: Results from a Latin American Andean Cohort
Frontiers in Medicine
Santiago, Chile
2023
- Pérez-Jeldres, T., Magne, F., Ascui, G., Alvares D., Orellana, M., Álvarez-Lobos, M., Hernández-Rocha, C., Azócar, L., Aguilar, N., Espino, A., Estela, R., Escobar, S., Zazueta, A., Baez, P., Silva, V., De La Vega, A., Arriagada, E., Pavez-Ovalle, C., Diaz-Asencio, A., Travisany, D., … Bustamante, M.L.
- (in press)
Genotype Prevalence of Lactose Deficiency, Vitamin D Deficiency, and the Vitamin D Receptor in a Chilean Inflammatory Bowel Disease Cohort: Insights from an Observational Study
International Journal of Molecular Sciences
Santiago, Chile
2023
Genome sequencing reveals molecular subgroups in oral epithelial dysplasia
Brazilian Oral Research
Santiago, Chile
2023
Procesamiento de lenguaje natural para texto clínico en español: el caso de las listas de espera en Chile
Revista Médica Clínica Las Condes, 2022, vol. 33, no 6, p. 576-582.
Santiago, Chile
2022
Ethnicity influences phenotype and clinical outcomes: Comparing a South American with a North American inflammatory bowel disease cohort
Medicine, September 09, 2022 - Volume 101 - Issue 36 - p e30216
Santiago, Chile
2022
Cáncer de vesícula en colecistectomías de la región de Tarapacá. Análisis según pertenencia étnica
Revista Médica de Chile, 150(9).
Santiago, Chile
2022
Automatic support system for tumor coding in pathology reports in Spanish
Preprint disponible en SSRN 3982259
Santiago, Chile
2022
Automatic Extraction of Nested Entities in Clinical Referrals in Spanish
ACM Transactions on Computing for Healthcare (HEALTH), 2022, vol. 3, no 3, p. 1-22.
Santiago, Chile
2022
Construcción de recursos de texto para la identificación automática de información clínica en narrativas no estructuradas
Revista Médica de Chile, 149(7).
Santiago, Chile
2021
Prevalencia de colecistolitiasis y cáncer de vesícula en una población rural Aymara de Chile
Revista Médica de Chile, 148(10).
Santiago, Chile
2020
The Chilean Waiting List Corpus: a new resource for Clinical Named Entity Recognition
Proceedings of the 3rd Clinical Natural Language Processing Workshop (pp. 291-300)
Santiago, Chile
2020
ABCB1/4 Gallbladder Cancer Risk Variants Identified in India Also Show Strong Effects in Chileans
Cancer Epidemiol. 2020 Apr;65:101643.
Santiago, Chile
2020
TRPM4 regulates Akt/GSK3-β activity and enhances β-catenin signaling and cell proliferation in prostate cancer cells
Mol Oncol. 2018 Feb; 12(2):151-165.
Santiago, Chile
2018
Subtypes of Native American ancestry and leading causes of death: Mapuche ancestry-specific associations with gallbladder cancer risk in Chile
PLoS Genet 13(5): e1006756.
Santiago, Chile
2017
Mast Cell Infiltration and Kit and Protease Expression During Progression of a Transgenic Prostate Cancer Murine Model (TRAMP)
Journal of Comparative Pathology, 150(1), 88.
Santiago, Chile
2014
- González, C., Armisén, R., Stutzin, A., Baez, P., Landerer, E., Paredes, R., Contreras, I., Muñoz, C.
Actualización en cáncer de próstata: generalidades y diagnóstico
Medicina & Laboratorio, 18, 7-8.
Santiago, Chile
2012
- Báez, P., Armisén Yañez, R.
Colonización por Staphylococcus aureus resistente a meticilina en las manos de individuos de la comunidad
Iatreia, 23(1), 5-9.
Medellín, Colombia
2010
- Báez, P., Zapata Tamayo, M., Ramírez Pérez, A., Rúa Giraldo, A., & Jiménez Quiceno, J.
Becas y Premios
Concurso Fondecyt de Postdoctorado
Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID
Santiago, Chile
Abr. 2021
Mejor publicación
3rd Clinical Natural Language Processing Workshop. Paper title: The Chilean Waiting List Corpus: a new resource for Clinical Named Entity Recognition.
Clinical NLP Workshop, EMNLP
Nov. 19 2020
Beca Puente Postdoctoral
Instituto de Neurociencia Biomédica (BNI), Universidad de Chile
Santiago, Chile
Sep. 2018
Beca de Pasantía al Extranjero
Programa MECESUP Uch1304, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Jul. 2015
Beca de Doctorado Nacional CONICYT para Extranjeros
Ministerio de Educación, Gobierno de Chile
Santiago, Chile
Mar. 2013
Aprobación de Magíster con la máxima distinción
Escuela de Postgrado, Universidad de Chile
Santiago, Chile
Jun. 2013
Diez mejores resultados a nivel nacional según programa académico: Prueba ECAES
Ministerio de Educación, República de Colombia
Medellín, Colombia
2008